1637–1638 byggde domkyrkoorganisten Anders Bruce i Linköping en orgel med 23 stämmor, två manualer och pedal. 1681 reparerades orgeln av Georg Woitzig.
Cahmanorgeln, 1698
Hans Henrich Cahman färdigställde 1698 färdig en tremanualig orgel på 50 stämmor och pedal, med 16 fots huvudverk, ryggpositiv, bröstverk och pedaltorn. Det var det dittills ambitiösaste orgelbygget i Sverige. Orgeln brann upp i stadsbranden 1702.
Risbergs interimsorgel
År 1710 ställdes en åttafots interimsorgel upp, med tio stämmor på en manual, av Isac Risberg, Falun. Den användes till 1727, såldes sedan och sattes 1741 upp i Tjällmo kyrka, där den ännu finns kvar.
Cahmanorgeln, 1733
Hans Heinrich Cahmans son Johan Niclas Cahman blev 1733 färdig med en permanent orgel för den nya västläktaren. Den fick 40 stämmor på 16 fots huvudverk, öververk och pedal och var alltså mindre storslagen än faderns, men tidsenlig utan ryggpositiv och med färre höga register. En viss uppfattning om hur den här orgeln kan ha klingat kan man få av samma mästares bevarade orgel i Lövstabruk och av nästan-repliken i Falu Kristine kyrka.
Setterquistorgeln, 1924
På gosskörsläktaren i södra tvärskeppet (läktaren revs 1975 men har fr o m 2026 ersatts av en ny läktare) stod en orgel byggd av firma Setterquist & Son på initiativ av ärkebiskop Nathan Söderblom. Dispositionen utarbetades av Otto Olsson. Orgeln hade 18 stämmor inkl. 3 transmissioner. Orgeln plockades ned i samband med att läktaren revs. Av pipmaterialet återstår Labialklarinett 8’, bevarad i nuvarande Ruffattiorgel, samt diverse andra pipor, återanvända i Lötenkyrkans kororgel samt återbrukade i Menzelorgeln i S:t Eskils kyrka, Handen.
